رهبر معظم انقلاب از دوره دبیرستان، خواندن «جامع المقدمات» و صرف و نحو را آغاز کرده بود. سپس از مدرسه جدید وارد حوزه علمیه شد و نزد پدر و دیگر اساتید وقت ادبیات و مقدمات را خواند  .
درباره انگیزه ورود به حوزه علمیه و انتخاب راه روحانیت مى گویند: «عامل و موجب اصلى در انتخاب این راه نورانى روحانیت پدرم بودند و مادرم نیز علاقه مند و مشوّق بودند  ».
ایشان کتب ادبى ار قبیل «جامع المقدمات»، «سیوطى»، «مغنى» را نزد مدرّسان مدرسه «سلیمان خان» و «نوّاب» خواند و پدرش نیز بر درس فرزندانش نظارت مى کرد. کتاب «معالم» را نیز در همان دوره خواند. سپس «شرایع الاسلام» و «شرح لمعه» را در محضر پدرش و مقدارى را نزد مرحوم «آقا میرزا مدرس یزدى» و رسائل و مکاسب را در حضور مرحوم حاج شیخ هاشم قزوینى و بقیه دروس سطح فقه و اصول را نزد پدرش خواند و دوره مقدمات و سطح را بطور کم سابقه و شگفت انگیزى در پنچ سال و نیم به اتمام رساند. پدرش مرحوم سید جواد در تمام این مراحل نقش مهّمى در پیشرفت این فرزند برومند داشت. رهبر بزرگوار انقلاب، در زمینه منطق و فلسفه، کتاب منظومه سبزوار را ابتدا از «مرحوم آیت الله میرزا جواد آقا تهرانى» و بعدها نزد مرحوم «شیخ رضا ایسى» خواندند  .

 در حوزه علمیه نجف اشرف 

آیت الله خامنه اى که از هیجده سالگى در مشهد درس خارج فقه و اصول را نزد مرجع بزرگ مرحوم آیت الله العظمى میلانى شروع کرده بودند. در سال 1336 به قصد زیارت عتبات عالیات، عازم نجف اشرف شدند و با مشاهده و شرکت در درسهاى خارج مجتهدان بزرگ حوزه نجف از جمله مرحوم سید محسن حکیم، سید محمود شاهرودى، میرزا باقر زنجانى، سید یحیى یزدى، و میرزا حسن بجنوردى، اوضاع درس و تدریس و تحقیق آن حوزه علمیه را پسندیدند و ایشان را از قصد خود آگاه ساختند. ولى پدر موافقت نکرد. پس از مدّتى ایشان به مشهد باز گشتند  .

 در حوزه علمیه قم

آیت الله خامنه اى از سال 1337 تا 1343 در حوزه علمیه قم به تحصیلات عالى در فقه و اصول و فلسفه، مشغول شدند و از محضر بزرگان چون مرحوم آیت الله العظمى بروجردى، امام خمینى، شیخ مرتضى حائرى یزدى وعلـّامه طباطبائى استفاده کردند. در سال 1343، از مکاتباتى که رهبر انقلاب با پدرشان داشتند، متوجّه شدند که یک چشم پدر به علت «آب مروارید» نابینا شده است، بسیار غمگین شدند و بین ماندن در قم و ادامه تحصیل در حوزه عظیم آن و رفتن به مشهد و مواظبت از پدر در تردید ماندند  . آیت الله خامنه اى به این نتیجـه رسیدند که به خاطر خدا از قــم به مشهد هجرت کنند واز پدرشان مواظبت نمایند. ایشان در این مـورد مى گویند  :
«به مشهد رفتم و خداى متعال توفیقات زیادى به ما داد. به هر حال به دنبال کار و وظیفه خود رفتم. اگر بنده در زندگى توفیقى داشتم، اعتقادم این است که ناشى از همان بّرى «نیکى» است که به پدر، بلکه به پدر و مادر انجام داده ام». آیت الله خامنه اى بر سر این دو راهى، راه درست را انتخاب کردند. بعضى از اساتید و آشنایان افسوس مى خوردند که چرا ایشان به این زودى حوزه علمیه قم را ترک کردند، اگر مى ماندند در آینده چنین و چنان مى شدند!... امّا آینده نشان داد که انتخاب ایشان درست بوده و دست تقدیر الهى براى ایشان سر نوشتى دیگر و بهتر و والاتر از محاسبات آنان، رقم زده بود  . آیا کسى تصّور مى کرد که در آن روز جوان عالم پراستعداد 25 ساله، که براى رضاى خداوند و خدمت به پدر و مادرش از قم به مشهد مى رفت، 25 سال بعد، به مقام والاى ولایت امر مسلمین خواهد رسید؟! ایشان در مشهد از ادامه درس دست برنداشتند و جز ایام تعطیل یا مبازره و زندان و مسافرت، به طور رسمى تحصیلات فقهى و اصول خود را تا سال 1347 در محضر اساتید بزرگ حوزه مشهد بویژه آیت الله میلانى ادامه دادند. همچنین ازسال 1343 که در مشهد ماندگار شدند در کنار تحصیل و مراقبت از پدر پیر و بیمار، به تدریس کتب فقه و اصول و معارف دینى به طلـّاب جوان و دانشجویان نیز مى پرداختند  .

در سال 1380ودر اردیبهشت ماه بود که همایش بین‏المللی حمایت از انتفاضه فلسطین با بیانات مهم و تاریخی مقام معظم رهبری در تهران افتتاح شد. وقتی معظم له درحال خروج از سالن همایش بودند، حجت‏الاسلام والمسلمین سید حسن‏نصراله، دبیر کل حزب‏اله لبنان، از جا برخاستند و خود را به رهبرمعظم انقلاب ‏رساندند و خم شدند و دستهای مبارک ایشان را بوسیدند. پس از سید حسن، رمضان عبدالله دبیرکل جهاد اسلامی فلسطین، و بعد خالد مشعل رئیس دفتر سیاسی حماس و افراد دیگری از حضار اطراف آقا حلقه زدند و هر یک به نحوی ابراز ارادت نمودند و از بیانات حکیمانه ایشان قدردانی کردند.وقتی از سید حسن نصراله سؤال شد،چه‏عاملی موجب گردید در این اجلاس رسمی و جهانی در برابر رهبرمعظم انقلاب‏ خم شوید و بر دستانش بوسه زنید؟ پاسخ دادند:
من تعمداً و با اخلاص کامل این کار را انجام دادم. دلیلش این بود که امسال ‏رسانه‏های جهانی مرا مرد سال نامیده و در کشورهای عربی هم، عنوان موفق‏ترین ‏رهبر جهان عرب را به من اختصاص داده‏اند. من از این القاب و عناوین خشنود نشدم؛ ولی در این جلسه مهم و بین‏المللی که سران نهضت‏های اسلامی و شخصیت‏های ‏سیاسی کشورهای اسلامی حضور داشتند و مراسم مستقیماً از تلویزیون در سراسرجهان پخش می‏شد،این کار را انجام دادم تا به تمام کسانی که مرا می‏شناسند بگویم:من سرباز رهبر معظم انقلابم

زمانی که پوتین رئیس جمهور سابق و نخست‏وزیر فعلی روسیه به منظورشرکت در اجلاس سران کشورهای حاشیه دریای خزر به ایران آمده بود. توفیق یافت که ملاقاتی با رهبر عزیز ایران زمین داشته باشند.

پوتین ‏یکی از شخصیت‏های سیاسی سرشناس، تیزهوش، پرتلاش و صاحب‏نام درعرصه بین‏الملل است، و از جایگاه بالایی در سطح جهان و مقبولیت گسترده‏ای‏در کشور خود برخوردار است. در ان دیداری که با مقام معظم رهبری داشتندشدیداً تحت تأثیر شخصیت والای سیاسی و معنوی ایشان قرار گرفته و پس ازملاقات با اشاره به درایت و تیزبینی‏های ولی امر مسلمین جهان، می‏گویند:

حکیم بزرگی در ایران نشسته است که به ذهن من خطور نمی‏کرد تا این   اندازه ‏همه‏جانبه‏نگر باشد؛ ایشان حکیم و دانشمندی بزرگ است که تصمیم‏گیری‏ها وتنظیم همه سیاست‏های ایران، توسط اوست. با وجود درایت و هوشمندی رهبری‏ایران، هیچ خطری متوجه این کشور نمی‏شود. من در ملاقات با ایشان معنای‏واقعی قانون اساسی جمهوری اسلامی و مفهوم ولایت فقیه و ولایت علمای دینی‏را که شنیده بودم فهمیدم. با عنایت به مطالعات گسترده‏ای که درباره حضرت مسیح‏داشته‏ام، در این ملاقات تمام ویژگی‏ها و خصوصیات حضرت مسیح را در وجودآیت‏الله خامنه‏ای دیدم و برایم متجلی شد

کوفی عنان، دبیر کل سابق سازمان ملل متحد، پس از دیدار و ملاقات با مقام معظم‏رهبری، به هنگام ترک تهران در فرودگاه مهرآباد طی گفتگویی با خبرنگاران،نکات قابل توجهی درباره شخصیت معظم‏له بیان داشت: من با شخصیت‏های‏ مختلفی در جهان دیدار داشته‏ام؛ برخی از آنها مانند ژاک شیراک (رئیس جمهور سابق فرانسه)، گورباچف (رهبر شوروی سوسیالیستی قبل از فروپاشی شوروی) و... مراتحت تأثیر قرار داده بودند؛ ولی در ملاقات با رهبر ایران، احساس کردم تاکنون کسی ‏را مانند ایشان ندیده‏ام.شخصیت معنوی ایشان مرا گرفت و تحت تأثیر قرار داد. پیش خود فکر کردم، چرا شخصیتی مثل من باید دبیر کل سازمان ملل متحدباشد؟ همیشه معتقد بودم شخصیت‏های معنوی و عرفانی از مسایل سیاسی ‏آگاهی ندارند، اما در دیدار با آیت‏الله خامنه‏ای،ایشان را در اوج قداست و شخصیت سیاسی یافتم،تا آنجا که تمام شخصیت‏های سیاسی بزرگ که در ذهنم‏ بود و مرا جذب کرده بودند، همه را به فراموشی سپردم.
ایرانی‏ها و مسلمان‏ها باید افتخار کنند که چنین رهبری دارند. ای کاش ‏ایشان دبیر کل سازمان ملل بودند.
حضرت آیةالله خامنه‏ای در این ملاقات قلب مرا تسخیر کردند

حضرت آیت‌الله مصباح یزدی، رئیس موسسه پژوهشی امام خمینی(ره) در دیدار مسئولان و فرماندهان سپاه پاسداران با اشاره به ضرورت اطاعت از ولایت فقیه به عنوان نائب امام زمان(عج) اظهار داشت: بنده برای هر مسئله‌ای سوگند نمی‌خورم، ولی با این حال؛ به خدا قسم، من نعمتی به عظمت نعمت وجودی مقام معظم رهبری ندیده‌ام. 

در ادامه فرمودند: تقوا، روشن‌بینی، بزرگواری، دوراندیشی، حکمت و...، از جمله صفاتی است که خداوند همه را یکجا در وجود مقام معظم رهبری قرار داده است.

آیت‌الله مصباح یزدی با ابراز نگرانی از اینکه مبادا مسئولی به جای خدمت به مردم و انقلاب، به دنبال جاه و مقام باشد افزود: برخی افراد برای پیروزی انقلاب اسلامی، به زندان رفتند و دراین راه شکنجه‌ها تحمل کردند، ولی پس از پیروزی انقلاب، برای به دست آوردن پست‌های بالاتر، همان کاری را انجام دادند که سیاستمداران در دوره طاغوت انجام می‌دادند

محمد‌نبی حبیبی دبیرکل حزب مؤتلفه اسلامی در گفت‌وگو با خبرنگار سیاسی فارس «توانا»، توضیحاتی درباره دیدار اخیر خود با آیت‌الله سیستانی بیان کرد.

وی گفت: سفر به عراق هر چند یک سفر زیارتی بود، اما از قبل هماهنگی‌هایی انجام دادیم که به‌عنوان دبیرکل حزب مؤتلفه اسلامی با حضرت آیت‌الله سیستانی ملاقات داشته باشم و این ملاقات در نهایت تکریم و احترام انجام شد.

حبیبی با اشاره به اینکه حفاظت آیت‌الله سیستانی حفاظت سختی است و بحق هم با توجه به خطرات باید چنین باشد، اظهار داشت: از اولین مرحله آغاز حلقه حفاظتی ایشان، بدون هیچ‌گونه بازدید و بازرسی و معطّلی به محضر ایشان شرفیاب شدیم.

دبیرکل حزب مؤتلفه اسلامی با اشاره به سخنان آیت‌الله سیستانی در این دیدار گفت: از آنجا که ایشان یکی از مراجع تقلید شیعیان هستند، یک نوع کسب تکلیف و وظیفه نیز از ایشان پرسیدیم که فرمودند کسانی که می‌خواهند برای اسلام و مسلمین خدمت کنند «باید همه همتشان را در حول محور ولایت صرف کنند» و این جمله را دوبار تکرار کردند.

حبیبی ادامه داد: نکته‌ای که تا به حال رسانه‌ای نکرده‌ام این است که زمانی که صحبت از مقام معظم رهبری شد، ایشان با احترام و تکریم لفظ «آقا» را به کار گرفتند لذا زمانی که یک مرجع تقلید، مقام معظم رهبری را همچون سایر ارادتمندان «آقا» با تکریم و احترام ویژه خطاب می‌کنند، معنای ویژه‌ای دارد.

وی اظهار داشت: مایل بودم درباره مسائل داخلی ایران اگر آیت‌الله سیستانی لازم می‌دانند مطالبی بفرمایند که ایشان پاسخ عالمانه‌ای با این مضمون بیان کردند که «من در مورد ایران و سایر کشورهای اسلامی به منزله پزشک عمومی هستم بنابراین پزشک عمومی حق ورود به کار تخصصی پزشکی را ندارد، لذا شما در ایران باید به متخصص امور مراجعه کنید». ایشان خیلی متواضعانه ما را به متخصصین امر یعنی «مراجع داخل کشور» ارجاع دادند که بیان عالمانه زیبایی از ایشان بود و احساس من این بود که ایشان روی کلیات جهان اسلام تسلط ویژه دارند.

  توصیه

 در جمهورى اسلامى، هر جا که قرار گرفته‏اید، همان‏جا را مرکز دنیا بدانید و آگاه باشید که همه‏ى کارها به شما متوجه است. چند ماه قبل از رحلت امام   (رضوان الله‏علیه)، مرتب از من مى‏پرسیدند که بعد از اتمام دور? ریاست جمهورى، مى‏خواهید چه کار کنید. من خودم به مشاغل فرهنگى زیاد علاقه دارم؛ فکر می‌کردم که بعد از اتمام دور? ریاست جمهورى، به گوشه‌ایى بروم و کار فرهنگى بکنم .

وقتى از من چنین سؤالى کردند، گفتم اگر بعد از پایان دور? ریاست جمهورى، امام به من بگویند که بروم رئیس عقیدتى، سیاسى گروهان ژاندارمرى زابل

 -حتى اگر به جاى گروهان، پاسگاه بود- من دست زن و بچه‏ام را می‌گیرم و مى‏روم! واللَّه این را راست مى‏گفتم و از ته دل بیان می‌کردم؛ یعنى براى من زابل مرکز دنیا مى‏شد و من در آن‏جا مشغول کار عقیدتى، سیاسى مى‏شدم!

به نظر من، بایستى با این روحیه کار و تلاش کرد و زحمت کشید؛ در این صورت خداى متعال به کارمان برکت خواهد داد.